汕頭是我國沿海最早設關的口岸之一。早在1685年（清康熙二十四年）粵海關成立后，即在庵埠設立庵埠正稅口，后又相繼稱庵埠總口、潮州總口。1853年（清咸豐三年），粵海關在汕頭媽嶼島設立海關，稱潮州新關，轄原庵埠總口及其所轄各口。1860年（清咸豐十年）1月，被洋稅務司控制的潮海關成立，亦稱洋關，這就是汕頭海關的前身。1949年10月24日，汕頭解放；25日，軍管會接管潮海關。1950年2月，潮海關更名為中華人民共和國汕頭海關，直屬海關總署。1984年，海關總署決定，汕頭海關升格為局級海關，直屬海關總署。

目前，汕頭海關關區范圍包括汕頭（含汕頭經濟特區）、汕尾、梅州、潮州、揭陽等粵東五個地級市及所屬30個縣（市、區），面積約3.1萬平方公里，人口2000多萬。陸地海岸線長330多公里。關區內有一類口岸5個（汕頭港、汕尾港、南澳港、潮陽港、潮州港），空港2個，二類海運口岸12個，陸運驗貨場16個。